Για την ικανοποίηση των στόχων του έργου, στο αντικείμενό του περιλαμβάνονταν οι εξής επί μέρους δράσεις:

• Έλεγχος της χημικής ποιότητας των αρδευτικών παραμέτρων και δεικτών ρύπανσης των νερών των διακρατικών ποταμών Έβρου, Άρδα, Ερυθροποτάμου, Νέστου, Στρυμόνα, Αξιού και των ελληνικών ποταμών Λουδία, Αλιάκμονα, Πηνειού, Ληθαίου, Πάμισου, Πορταϊκού, Σοφαδίτη και Ενιπέα.

• Έλεγχος της χημικής ποιότητας των αρδευτικών παραμέτρων και δεικτών ρύπανσης των νερών των λιμνών Βιστωνίδα, Δοϊράνη, Κερκίνη, Βόλβη, Κορώνεια, Βεγορίτιδα, Ζάζαρη, Πετρών, Χειμαδίτιδας, Καστοριάς, Μικρής και Μεγάλης Πρέσπας καθώς και των ποταμών, χειμάρρων και ρεμάτων που εκβάλλουν στις λίμνες αυτές.

• Έλεγχος της χημικής ποιότητας αρδευτικών παραμέτρων και δεικτών ρύπανσης των αρδευτικών υπογείων νερών (αρδευτικών γεωτρήσεων των συλλογικών δικτύων και ιδιωτών αγροτών) στις κάτωθι λεκάνες απορροής: Άρδα, Έβρου (Αγρόκτημα Ορεστιάδας, Ν. Βύσσας - Ωοειδούς - Σοφηκού - Φερών - Αλεξανδρουπόλεως), Ερυθροποτάμου, Ροδόπης - Βιστωνίδας, Νέστου, Αγγίτη - Δράμας, Στρυμόνα, Αξιού - Λουδία, Δοϊράνης, Μογλένιτσας, Βεγορίτιδας, Λαγκαδά - Βόλβης - Μυγδονίας, Καστοριάς, Πρεσπών, Αλιάκμονα, Καλλιπεύκης, Τιταρήσιου, Πηνειού, Ενιπέα, Ξυνιάδας και Κάρλας.

  Ποταμός Αλιάκμονας, στη θέση του Φράγματος Αγίας Βαρβάρας

  Λίμνη Κερκίνη, στο μέγιστο βάθος αυτής, στην περιοχή του Λιμνοχωρίου

Ποταμός Ληθαίος, πλησίον των οικισμών Γλίνος και Πατουλιά

Ταμιευτήρας Περδίκκα

• Έλεγχος της χημικής ποιότητας, αρδευτικών παραμέτρων και δεικτών ρύπανσης των νερών επιλεγμένων στραγγιστικών καναλιών των λεκανών του έργου. Στα στραγγιστικά περιλαμβάνονται και όλα τα υπόλοιπα σημαντικά επιφανειακά υδατοσυστήματα Μακεδονίας, Θράκης και Θεσσαλίας που δεν αναφέρθηκαν ονομαστικά παραπάνω όπως:

• Υδατοσυστήματα της Θράκης: οι ποταμοί Λήσσος, Ασπροπόταμος, Κομψάτος, Ασπρόρεμα, Κόσυνθος και Λασπιάς, ο ταμιευτήρας Καβησού - Αρδανίου και η λίμνη Ισμαρίδα.

• Υδατοσυστήματα της Μακεδονίας: οι ποταμοί Αγγίτης, Δοξάτου, Ξηροπόταμος ή Πλατανόρεμα, Εζιόβης, Κουρσοβίτης (Μπελίτσα), Αμμουδοπόταμος, Ρήχιος, Σχολαρίου, Απολλωνίας, Γαλλικός, Βαρδαρόβαση, Γοργόπης, Δοϊράνης (Αγιάκ), Αλμωπαίος, Βόδας (Άγρας), Τριπόταμος, Πραμόριτσα, Βενέτικος, Γρεβενίτης, Στραβοπόταμος, Λαδοπόταμος, Αγίου Γερμανού και Ξηροπόταμος, τα ρέματα Μαρίτσα, Αραπίτσα, Μικρολίμνης, Τοιχιού, Γκιόλι, Σουλού, Αμύντας, Σκλήθρου και Αετού, το Μεγάλο Κανάλι (αποστραγγιστικό κανάλι Τεναγών Φιλίππων), η Τάφρος 66 και η Τάφρος Σίνδου, η αποστραγγιστική τάφρος Αρτζάν – Αμματόβου και οι ταμιευτήρες Λευκογείων - Κάτω Νευροκοπίου, Αρτζάν-Κιλκίς, Βασιλειάδας-Καστοριά και Περδίκα-Κοζάνη.

• Υδατοσυστήματα της Θεσσαλίας: οι ποταμοί Νεοχωρίτης, Τιταρήσιος (Βούλγαρης), Καλέντζης και Φαρσαλιώτης, τα ρέματα Αργυροπουλείου, Καρδίτσας και Μεγάλο ρέμα και οι ταμιευτήρες Μητρόπολη Καρδίτσας και Κάρλας (ταμιευτήρες Καλαμακίου και Καναλίων).

• Συλλογή και αξιολόγηση υφιστάμενων γεωλογικών, υδρογεωλογικών και υδρολογικών δεδομένων με στόχο την ανάπτυξη γνώσης σχετικά με τη δομή, λειτουργία και εξέλιξη της υπόγειας υδροφορίας στις περιοχές ενδιαφέροντος.

• Εκτέλεση δύο σταθμημετρήσεων ανά έτος (υψηλή – χαμηλή στάθμη), στις γεωτρήσεις δειγματοληψίας. Εξαγωγή συμπερασμάτων για τις πιθανές σχέσεις υδραυλικής επικοινωνίας μεταξύ επιφανειακών και υπόγειων υδάτων στις περιοχές ενδιαφέροντος.

• Ανάπτυξη Γεωγραφικού Συστήματος Πληροφοριών (Γ.Σ.Π) με χρήση λογισμικού πακέτου ευρείας αποδοχής.

• Επεξεργασία αναλυτικών δεδομένων και καταγραφή των συμπερασμάτων όπως προσδιορίζονται στους προς υλοποίηση στόχους.

• Διατύπωση προτάσεων για τον καθορισμό αγροπεριβαλλοντικών δεικτών παρακολούθησης ποιότητας νερών.

• Επεξεργασία αποτελεσμάτων αναλύσεων υπολειμμάτων γεωργικών φαρμάκων και εξαγωγή συμπερασμάτων.